Действие мультфильма разворачивается во времена татарского нашествия на Русь. Немало людей было взято в плен иноземными захватчиками, немало полегло их на полях сражений. Татары грабили и разоряли русские города, не ведая жалости, и вот на их пути оказался Малый Китеж, известный также как Керженец. Узнав о приближении разрушительного татарского войска, жители Керженца находят способ сделать так, чтобы древний город не достался врагу.
Сеча при Керженце — мультипликационный фильм по мотивам легеды и симфонической поэмы Римского-Корсакова о невидимом граде Китеже, который ушел под воды озера, чтобы избежать татарского нашествия.